از ابتدای تابستان سال ۱۳۹۰ طرحی موسوم به سقف قرارداد در لیگ برتر به اجرا درآمد که کاملا ناموفق بود و در نهایت هم جمع شد. پیرامون همین مسئله در روزهای ابتدایی مرداد سال ۹۰ سازمان لیگ امیر قلعه‌نویی را بابت مبلغ قرارداد خود با باشگاه تراکتور و آن‌چه که رعایت نکردن سقف قرارداد اعلام شده بود، احضار کرد.
این مسئله به شدت قلعه‌نویی را ناراحت کرد به‌طوری که چهارم مرداد همان سال در گفت‌وگو با خبرورزشی به این مسئله اشاره کرد و گفت: با یک‌سری قوانین غلط آمده‌ایم تا صورت مسئله را پاک کنیم. آیا قطر که میزبانی جام جهانی را گرفته سقف قرارداد را رعایت کرد؟ آیا مارادونا با رعایت سقف قرارداد به الوصل امارات رفت؟ اگر می‌خواهیم شرایط را درست کنیم باید دنبال راه حل باشیم نه این‌که راهی بگذاریم و شرایط را بدتر کنیم. شما یقین داشته باشید من به سازمان لیگ نمی‌روم. اگر بروم و بگویم ۳۵۰میلیون گرفته‌ام ولی پنهانی یک میلیارد تومان از بغل یک بازیکن پول گیرم بیاید خوب است؟ من هیچ‌وقت چنین کاری را نمی‌کنم. آیا خوب است اگر بگویم آقای بازیکن بیا اسمت را داخل تیم رد کنم و به جای آن، تو به من زمین بده؟ من چنین کارهایی نمی‌کنم.
امیر قلعه‌نویی ادامه داد: با آقای عزیز محمدی رفاقت زیادی دارم و معتقدم او برای فوتبال زحمت کشیده اما با این وجود در جلسه مذکور شرکت نمی‌کنم. افتخارم به این است که خیلی پاک کار کرده‌ام و برای چنین مسائلی نه به سازمان لیگ می‌روم و نه دروغ می‌گویم. اگر هم به من بگویند برو در خانه‌ات بشین، مبلغی که از تراکتور گرفته‌ام را تقدیم باشگاه می‌کنم و می‌روم دنبال خانه‌نشینی و کشاورزی.
سرمربی اسبق استقلال در ادامه این مصاحبه پیرامون شایعه حضورش در استقلال نیز تصریح کرد: هر زمان استقلال نهم یا سیزدهم جدول بود، آن را به ما تحویل دادند. همیشه این تیم را قهرمان تحویل داده‌ایم ولی هر وقت که برگشته‌ام، سیزدهم بوده است. برخی دوستان سر ما منت می‌گذارند که تیم را در بدترین شرایط تحویل گرفتیم. کدام بدترین شرایط؟ تیم را در وضعیت آسیایی تحویل گرفتند و بهترین مهره‌ها را داشتند.
سرمربی وقت تراکتور در ادامه با کنایه به قانون سقف قرارداد اضافه کرد: من وقتی که از تیم ملی جدا شدم و دوباره مربی‌گری در عرصه باشگاهی را استارت زدم، چهار جام قهرمانی به دست آورده‌ام. اگر این کارنامه را یک مربی خارجی چشم‌آبی داشت، ۳۰میلیارد به او پول می‌دادند ولی به من می‌گویند بیا سقف قرارداد را رعایت کن!